Q1. ゲームが起動しない。

セキュリティソフトによって起動がブロックされる、という事例がありました。
その場合は、セキュリティソフトの例外設定にゲームの実行ファイルを指定することで、回避できる可能性があります。

Q2. フルスクリーン時に、画面が揺れる演出のあと表示が乱れる。

当サイトで2006〜2012年ごろ配布したゲームは、Windows8以降のOSでフルスクリーン時、画面が揺れる演出のあと表示が乱れる問題がありました。
これは「エンジン設定.exe」で「グラフィック」の「フルスクリーン切り替え方法」を「ChangeDisplaySettings API / cds」に設定することで回避可能です。
「エンジン設定.exe」が入っていない場合、他ゲームからコピーして使えます。
（「エンジン設定.exe」は同フォルダの吉里吉里の実行ファイルを「-userconf」をつけて起動するものですので、このコマンドラインオプションを指定してもOKです）
現在配布中のものは、対応済です。

Q3. 強制スキップ時「既読で停止しませんが、よろしいですか」と表示される。

一部のゲームで、そのような表示になっていましたが、「未読」の間違いです。
某ゲームの「未読のみ」スキップのオマージュではなく、普通に間違えました。
現在配布中のものは、修正済です。

Q4. サイト（kotonoha-meikyu.net）からのゲームのダウンロードが403エラーになる。

サーバーの負荷対策として、ダウンロードツールからのアクセスを遮断するようになっており、その際に403エラーが出ます。
ブラウザのリンクからなら正常にダウンロードできるはずですが、もし上手くいかない場合は他のブラウザを試してみてください。
手元の環境だと、FirefoxとChromeからダウンロード可能なことを確認しています。